自然指数（Nature Index）于2014年11月首次发布 ，是依托于全球顶级期刊（2014年11月开始选定68种，2018年6月改为82种），统计各高校、科研院所（国家）在国际上最具影响力的研究型学术期刊上发表论文数量的数据库。运用这个数据库，可以根据各机构的论文发表数量及类别来进行排名和期刊索引，这一数据库的实时在线版免费为公众开放。
自然指数有三种计量方法来追踪作者的单位信息：
（1）论文计数 (article count/AC) - 不论一篇文章有一个还是多个作者，每位作者所在的国家或机构都获得1个AC分值。
（2）分数式计量（fractional count/FC）- FC考虑的是每位论文作者的相对贡献。一篇文章的FC总分值为1，在假定每人的贡献是相同的情况下，该分值由所有作者平等共享。例如，一篇论文有十个作者，那每位作者的FC得分为0.1。如果作者有多个工作单位，那其个人FC分值将在这些工作单位中再进行平均分配。
（3）加权分数式计量（weighted fractional count/WFC）- 即为FC增加权重，以调整占比过多的天文学和天体物理学论文。这两个学科有四种期刊入选自然指数，其发表的论文量约占该领域国际期刊论文发表量的50%，大致相当于其它学科的五倍。因此，尽管其数据编制方法与其他学科相同，但这四种期刊上论文的权重为其他论文的1/5。
目前自然指数在全球范围内已经有很大的影响力，成为了国际公认的能够衡量机构，同时也是国家和地区在自然科学领域的高质量研究产出与合作情况的重要指标。
自然指数每月更新，并且在非盈利知识共享的官网上有一个12个月的滚动窗口。自然指数也从2015年开始发布全年国家、高校排名，并且保持之前的年度排名榜单。
官网地址：www.natureindex.com